8 Evaluation of the EGFR Real-Time PCR test from EntroGen at Viollier in Allschwil

VIOLLIER, ALLSCHWIL

ENTROGEN EGFR
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INTERVIEW MIT HERRN DR. CHRISTOPH NOPPEN, ABTEILUNG FÜR GENETIK /MOLEKULARBIOLOGIE BEI VIOLLIER

 

Herr Dr. Noppen, Sie haben vor einiger Zeit den EntroGen EGFR Test bei Ihnen im Labor evaluiert. Mit welchem Ziel?

Der Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) gehört zu einer Palette an Biomarkern, die für die personalisierte Krebstherapie heutzutage von grosser Bedeutung sind. Molekularpathologische Parameter für das maligne Melanom (BRAF Mutationen) und das Kolorektalkarzinom (KRAS Mutationen) wurden bereits schon in enger Zusammenarbeit mit Pathologen und Onkologen in unserer molekulargenetischen Abteilung etabliert. Als die Nachfrage nach prädiktiven Markern auch für das Nicht Kleinzellige Lungenkarzinom (NSCLC) zunahm, bot sich ein zügiges „Insourcing“ an.

 

Der EGFR EntroGen Test ist für ABI, Roche LC480 und Qiagen RGQ -Geräte validiert. In Ihrem Labor wird ein LC480 verwendet. Ist der Test Ihrer Ansicht nach auch für dieses System unkompliziert einsetzbar?

Sowohl Pipettierschema als auch Geräteeinstellungen für den LC480 sind in der Testanleitung anschaulich beschrieben. Somit konnten wir auch auf dieser Plattform eine bessere Auslastung erreichen.

 

Wie stellen sich die Ergebnisse aus Ihrer Sicht dar?

Verglichen wurde mit der klassischen Sanger Methode in Zusammenarbeit mit unserem universitären Partner (Dr. M. Bihl, PD Dr. L. Tornillo, Institut für Pathologie an der Universität Basel). Exon 19 Deletionen sowie die häufigen Punktmutationen L858R und T790M konnten mit 100% Korrelation wiedergefunden werden. Eine Exon 18 Deletion aus der Standardsequenzierung, welche im EntroGen EGFR Panel nicht vorhanden ist, wurde wie erwartet verpasst. Die diagnostische Sensitivität und das getestete Spektrum werden im Befund entsprechend vermerkt.

 

Exon 19 Deletionen und L858R Punktmutationen sind die klassischen EGFR-Mutationen in Bezug auf NSCLC. Welche Relevanz räumen Sie den weniger häufig auftretenden Mutation, die durch das EntroGen EGFR-Panel abgedeckt werden, ein?

Regelmässig wird zu einer Mutation in der Tyrosin Kinase-Domäne auch eine relevante sekundäre Resistenzmutation, z.B. T790M detektiert. Auch die Exon 20 Insertionen werden durch die Gensonden breit abgedeckt. Somit ergibt sich eine diagnostische Sensitivität von weit über 90%.

 

Warum haben Sie sich schliesslich für den EntroGen EGFR Test entschieden?

 

Hier waren 3 Punkte entscheidend: Die gute Übereinstimmung aus der Evaluationsphase, das einfach Handling in der Testvorbereitung und der Auswertung sowie die Tatsache, dass auch einzelne Patientenproben im Sinne einer raschen Resultatübermittlung verarbeitet werden können.

 

Der EGFR Test deckt 29 Mutationen ab. Wie schätzen Sie den Arbeitsaufwand im Verhältnis zu diesem breiten Spektrum ein?

Die Hands-on Time bewegt sich im Minutenbereich, die Auswertung der Fluoreszenzsignale ist übersichtlich. Hingegen ist es im genetischen Bereich immer ratsam, eine unabhängige Methode für Bestätigungen bereit zu halten.

 

Ist in Ihrem Hause die CE-Markierung des EntroGen EGFR Tests von besonderer Bedeutung?

Kommerzielle Testverfahren spielen wegen der vorhandenen Validierungsdaten, Publikationen und dem Kontrollkonzept eine immer grössere Rolle im akkreditierten molekulardiagnostischen Labor. Diese Unterlagen unterstützen bei Planung und Durchführung der Evaluation.

 

Wie zufrieden sind Sie mit dem Service von BÜHLMANN?

„Kurze Wege“ und gute Kontakte auf allen Ebenen sind hier für uns entscheidend, um in der Labormedizin erfolgreich arbeiten zu können. Die Häuser Viollier und BÜHLMANN sind nicht nur seit vielen Jahrzehnten eng befreundet, sondern haben auch stets den Kunden und das Patientenwohl im Fokus.

 

Vielen Dank für das Gespräch

 

ENTRETIEN AVEC LE DR. CHRISTOPH NOPPEN, DÉPARTEMENT DE GÉNÉTIQUE ET BIOLOGIE MOLÉCULAIRE CHEZ VIOLLIER

Dr Noppen, il y a quelque temps, vous avez évalué le test EGFR d’EntroGen dans votre laboratoire. Quel était l’objectif de cette évaluation?

L’EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor – récepteur du facteur de croissance épidermique) appartient à la famille des biomarqueurs d’importance majeure dans le traitement anticancéreux personnalisé, à l’heure actuelle. L’analyse des paramètres de pathologie moléculaire du mélanome malin (mutations du BRAF) et du cancer colo-rectal (mutations du KRAS) a déjà été établie dans notre département de génétique moléculaire grâce à une collaboration étroite avec des anatomopathologistes et des oncologues. Avec la demande croissante en matière de marqueurs prédictifs, également pour le cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC), l’«internalisation» rapide se justifiait.

 

Le test EGFR d’EntroGen est validé pour les appareils ABI, LC480 de Roche et RGQ de Qiagen. Le LC480 est utilisé dans votre laboratoire. D’après vous, le test est-il également facile à utiliser avec ce système?

Le schéma de pipetage de même que le calibrage de l’appareil pour le LC480 sont décrits de façon claire dans le mode d’emploi du test. Nous avons donc pu également être plus efficaces avec cette plateforme.

 

Que pensez-vous des résultats obtenus?

Nous avons fait une comparaison avec la méthode classique de Sanger en collaboration avec notre partenaire universitaire (Dr M. Bihl, Dr L. Tornillo, privat-docent, institut d’anatomopathologie de l’Université de Bâle). On a retrouvé les délétions de l’exon 19 ainsi que les mutations ponctuelles fréquentes L858R et T790M à raison d’une concordance de 100%. Une délétion de l’exon 18 obtenue dans le cadre du séquençage standard, qui ne faisait pas partie du panel EGFR d’EntroGen, n’a pas été repérée, conformément aux attentes. La sensibilité diagnostique et le spectre testé ont été consignés en conséquence dans les résultats.

 

Les délétions de l’exon 19 et les mutations ponctuelles L858R sont des mutations classiques de l’EGFR dans le cadre du NSCLC. Quelle pertinence accordez-vous aux mutations moins fréquentes qui sont couvertes par le panel EGFR d’EntroGen?

 

On détecte souvent une mutation de résistance secondaire pertinente (p. ex. mutation T790M) dans le cadre d’une mutation du domaine de la tyrosine kinase. Des insertions de l’exon 20 sont également largement couvertes par les sondes génétiques. Cela permet d’obtenir une sensibilité diagnostique qui dépasse largement les 90%.

 

Pourquoi avez-vous finalement décidé d’opter pour le test EGFR d’EntroGen?

 

Trois facteurs ont été décisifs à cet égard: la bonne concordance obtenue lors de la phase d’évaluation, la simplicité de la manipulation pour la préparation et l’analyse du test, et enfin la possibilité de traiter également des échantillons de patients individuels avec une transmission rapide des résultats.

 

Le test EGFR couvre 29 mutations. Comment évaluez-vous la charge de travail compte tenu de ce vaste spectre?

 

Le temps de manipulation est de l’ordre de quelques minutes, l’exploitation des signaux de fluorescence ne pose pas de problème. En revanche, en génétique, il est toujours conseillé de disposer d’une méthode indépendante aux fins de confirmation.

 

La certification CE du test EGFR d’EntroGen revêt-elle une importance particulière pour votre laboratoire?

 

Du fait des données de validation existantes, des publications et du concept de contrôle, les procédés de tests commerciaux jouent un rôle de plus en plus important dans un laboratoire de diagnostic moléculaire accrédité. On s’appuie sur ces documents pour planifier et mener l’évaluation.

 

Dans quelle mesure êtes-vous satisfait du service de BÜHLMANN?

 

Pour nous, la facilité et la qualité des contacts à tous les échelons sont essentielles pour pouvoir travailler efficacement dans le secteur de la médecine de laboratoire. Non seulement les laboratoires Viollier et BÜHLMANN sont étroitement liés depuis plusieurs décennies, mais ils mettent également tous deux au centre de leurs préoccupations le client et le bien-être du patient.

 

Nous vous remercions de nous avoir accordé cet entretien.